Dodesilguanidin Molekülünün Moleküler Elektrostatik Potansiyeli Ve DNA İle Etkileşimi: Teorik Çalışma

Abstract

Bu çalışmada, Dodesilguanidin molekülünün optimize edilmiş hali Gaussian09 programı kullanılarak hesaplanmıştır. Hesaplamada DFT- B3LYP/6311G++(d,p) temel seti kullanılmıştır. Böylece molekül geometrisine ait bağ uzunlukları ve bağ açı değerleri elde edilmiştir. Hesaplamalarda en uzun bağın C4-C5 ve C5-C7 (1.533 Å) arasındaki bağa, en kısa bağların ise N-H (1.014 Å) atomları arasındaki bağa ait olduğu hesaplanmıştır. Moleküldeki en büyük (N1-C16-N2) ve en küçük (H19-C5-H20) bağ açısı değerleri sırasıyla 127,86 ve 106,29° dir. Moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) Yüzey analizi yapılarak MEP haritası ve Mülliken yük dağılımları elde edilmiştir. Böylece molekülün elektron yoğunluğunun fazla ve eksik olan bölgeleri görüntülenmiştir. Ek olarak Mülliken yük dağılımları -4,513e-2 a.u. ve 4,513e-2 a.u. aralığında değiştiği hesaplanmıştır. Ardından moleküler kenetlenme yöntemi Autodock Vina programı kullanılarak DNA ile kimyasal etkileşimi hesaplanmıştır. En iyi bağlanma afinite değeri -4,8 kcal/mol olarak hesaplanmıştır. DiscoveyStudio programı kullanılarak dodesilguanidin molekülü ile DNA arasındaki etkileşimin 2D görüntüsü elde edilmiştir. Bu görüntüye göre dodesilguanidin molekülü ile DNA arasında hidrojen bağı, istenmeyen donör-donör etkileşimi ve van derWaals etkileşimleri gözlenmiştir. Hidrojen bağlarının oluştuğu bölge MEP haritasında gözlenen elektron yoğunluğunun çok ve eksik olduğu bölgeler olduğu, diğer kimyasal etkileşimlerin ise molekülün farklı yerlerinde gerçekleştiği görülmüştür. Böylece dodesilguanidin molekülünün moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) yüzey analizi ve DNA ile etkileşimi bütüncül bir şekilde teorik olarak açıklanmaya çalışılmıştır.